La Chiesa del SS. Crocifisso era originariamente una piccola cappella eretta alle pendici del monte san Marco per volontà del marchese Luigi Trigona della Floresta, barone di Santo Cono dal 1786 al 1829, menzionato in qualità di Erettore in un documento del 18 maggio 1812, con il quale veniva nominato Pietro Balbo “custode o sia curatore della chiesa del SS. Crocifisso volgarmente chiamata del Calvario”.

La devozione al SS. Crocifisso era già diffusa e molto sentita nel Settecento. Fino al 1785, veniva celebrata in dicembre e a partire dal 1786 a metà settembre. La dedica fu quindi dettata da una devozione già diffusa in paese. Sul suo lato nord, racchiuso da un basso muro in pietra, si trovava, fino al 1899, il vecchio cimitero del paese che aveva sostituito quello preesistente che si trovava in piazza Spirito Santo. Lo spostamento era avvenuto in seguito alle leggi che per ragioni igenico-sanitarie vietavano le sepolture all’interno dei centri abitati. L’edificio venne restaurato ed ampliato, assumendo le dimensioni e l’assetto attuali, nei primi anni del Novecento, grazie all’opera della signora Giuseppa Traversa, nata a San Michele di Ganzaria nel 1843, figlia di Ignazio e Rosaria La Valle, sposata in prime nozze con il signor Palidda Cono e in seconde con Nicolò Firrarello. Nel 1901, il Comune donò il terreno per l’ampliamento e il progetto fu affidato al geometra Salvatore Novello di Mirabella Imbaccari. La signora Traversa riuscì a coinvolgere la comunità nella raccolta di fondi e nell’opera gratuita di trasporto dei materiali necessari ai lavori grazie anche al sostegno del parroco dell’epoca: il sacerdote sanconese don Calogero Gambuzza; inoltre ottenne, dalle autorità diocesane di Siracusa, il grande Crocifisso in cartapesta del Settecento posto sull’altare principale. La chiesa, ad un’unica navata, ha due altari laterali dedicati rispettivamente a san Calogero e all’Addolorata.